- Đơn vị được thành lập theo quyết định số 141/QĐ ngày 26/10/1975 của Bộ Quốc phòng với tên gọi là “Xưởng Đà Nẵng”, tiền thân là căn cứ yểm trợ tiếp vận của Hải quân Mỹ ngụy, được Hải quân nhân dân Việt Nam tiếp quản ngày 29/3/1975.
- Được đổi tên thành Nhà máy X50 Hải quân và thành lập lại từ năm 1993 theo quyết định số 494/QĐ-BQP ngày 04/8/1993 của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng với tên gọi Xí nghiệp sửa chữa tàu Hải Sơn (tên doanh nghiệp).
- Thực hiện văn bản số 11/CP-ĐMDN, của Thủ tướng Chính phủ về việc phê duyệt tổng thể sắp xếp doanh nghiệp Nhà nước của Bộ Quốc phòng. Ngày 12 tháng 5 năm 1999, Bộ Trưởng Bộ Quốc phòng ra quyết định (số 648/1999/QĐ-BQP) đổi tên xí nghiệp sửa chữa tàu Hải Sơn thuộc Quân chủng Hải quân thành Công ty Hải Sơn và được bổ sung ngành nghề.
- Căn cứ Nghị định số 111/2007/NĐ-CP ngày 26/6/2007 của Chính phủ về tổ chức, quản lý tổng công ty nhà nước và chuyển đổi tổng công ty nhà nước, công ty nhà nước độc lập, công ty mẹ là công ty nhà nước theo hình thức công ty mẹ-công ty con hoạt động theo luật doanh nghiệp. Ngày 30/4/2010, Bộ Quốc phòng quyết định chuyển Công ty Hải Sơn thành Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên đóng và sửa chữa tàu Hải Sơn trực thuộc Tổng Công ty Sông Thu thuộc Tổng Cục Công nghiệp Quốc phòng.